Vuosien ajan kilpikonnaveljekset ovat eläneet suojassa ihmisten maailmalta, mutta nyt he ovat päättäneet valloittaa newyorkilaisten sydämet sankarillisten tekojensa kautta ja tulla hyväksytyiksi tavallisina teini-ikäisinä. Uuden ystävänsä April O’Neilin avustuksella he taistelevat salaperäistä rikollisjärjestöä vastaan, mutta pian he joutuvat kaikkien aikojen koetukseen, kun mutanttien armeija vapautetaan heidän kimppuunsa.